Fazil Məmmədovun səhhətində hələ vəzifədə ikən problemlər yarandığı haqda da bilgilər var. Bəzi məlumatlara görə, mədəaltı vəzi xərçəngindən əziyyət çəkən nazir həftələrlə işə gəlmirdi.
Onun xaricdə müalicə alması xəbərləri isə vəzifədən azad edildikdən sonra üzə çıxdı. Belə ki, nazirin ölkə daxilində özünə aid olduğu bildirilən xəstəxanalarda və Türkiyədə müalicə aldığı haqda görüntülər də yayıldı.
F.Məmmədovun vəzifədən çıxması ilə qeyri-leqal biznesində problemlər də yaranmışdı. Hətta oğluna məxsus şirkətin dövlətə olan vergi borcunu ödəyə bilmədiyi də bəlli olmuşdu.
Yeri gəlmişkən qeyd edək ki, F.Məmmədovun kürəkəni Xaləddin İsgəndərov uzun illər Binəqədi rayonunun icra başçısı olub. X.İsgəndərov özü və ailəsinin çoxsaylı mühafizə ilə gəzdiyi, var-dövləti ilə fəxr etdiyi və özbaşınalığı dillər əzbəri idi. Hətta Binəqədi rayonu ərazisində böyük faciəyə səbəb olan bina yanğını zamanı onun “Vertu” ilə performansları, faciədən qətiyyən təsirlənməməsi də ictimaiyyətdə tənqidlərə səbəb olmuşdu.
